Академия основана путем преобразования ветеринарного факультета, открытого по Постановлению Совнаркома РСФСР от 1 апреля 1929 года при Пермском государственном университете, в Уральский ветеринарный институт. 19 ноября 1929 года был утверждён Устав института, занятия начались 16 декабря 1929 года. В апреле 1930 года вуз был переведён в Троицк и размещён в ряде зданий, переданных ему Троицким окружным исполнительным комитетом. В 1931 году проводилась одна научно-исследовательская работа, в 1932 году — 8, в 1933 году — 24.

В 1934 году был открыт зоотехнический факультет, институт получил название Троицкий ветеринарно-зоотехнический (Постановление Наркомзема СССР от 6.03.1934 года).

С 1939 по 1949 год институт временно прекратил выпуск зоотехников и до 1995 года именовался как Троицкий ветеринарный институт (приказ Наркомзема № 31 от 21.01.1940 года).

В 1943 году была открыта заочная аспирантура.

В 1958 году начал работать заочный факультет.

В 2000 году году присвоен статус академии.